Hinsichtlich ihres Strahlengangs gibt es zwei Arten von Fluoreszenzmikroskopen
1. Transmissionsfluoreszenzmikroskop: Die Anregungslichtquelle wird durch eine Kondensorlinse durch das Probenmaterial geleitet, um Fluoreszenz anzuregen. Üblicherweise wird ein Dunkelfeldkollektor verwendet, und ein gewöhnlicher Kollektor kann auch verwendet werden, um den Spiegel so einzustellen, dass das Anregungslicht umgelenkt und auf die Probe umgeleitet wird. Dies ist ein älteres Fluoreszenzmikroskop. Der Vorteil besteht darin, dass die Fluoreszenz bei geringer Vergrößerung stark ist, der Nachteil besteht jedoch darin, dass die Fluoreszenz mit zunehmender Vergrößerung abnimmt. Daher ist es besser, größere Probenmaterialien zu beobachten.
2. Das Epi-Fluoreszenzmikroskop ist eine neue Art von Fluoreszenzmikroskop, das in der Neuzeit entwickelt wurde. Der Unterschied besteht darin, dass das Anregungslicht von der Objektivlinse auf die Oberfläche der Probe fällt, d. h. dieselbe Objektivlinse wird als Beleuchtungskondensor und als Objektivlinse zum Sammeln der Fluoreszenz verwendet. Im Lichtweg muss ein dichroitischer Strahlteiler hinzugefügt werden, der 45 Grad vom hellen Uran entfernt ist. Das Anregungslicht wird in die Objektivlinse reflektiert und auf der Probe gesammelt. Die von der Probe erzeugte Fluoreszenz und das von der Linsenoberfläche der Objektivlinse und der Deckglasoberfläche reflektierte Anregungslicht treten gleichzeitig in die Objektivlinse ein und kehren zum Zweifarbenstrahlteiler zurück, um das Anregungslicht von der Fluoreszenz zu trennen , restliches Anregungslicht wird durch Sperrfilter absorbiert. Durch den Wechsel zu einer Kombination aus verschiedenen Anregungsfiltern, Zweifarben-Strahlteilern und Sperrfiltern können die Anforderungen verschiedener fluoreszierender Reaktionsprodukte erfüllt werden. Der Vorteil dieser Art von Fluoreszenzmikroskop besteht darin, dass die Ausleuchtung des Sichtfeldes gleichmäßig ist, die Abbildung klar ist und die Fluoreszenz umso stärker ist, je größer die Vergrößerung ist.
